A diakóniai osztály koordinálja, szervezi az országos egyház és az egyház önkormányzati testületei által alapított, illetve fenntartott diakóniai intézmények működését. Figyelemmel kíséri az egyház által folytatott evangélikus diakóniai szolgálatot az intézményekben, ajánlásokat ad ki, illetve támogatja, ellenőrzi az intézmények szakmai és törvényes működésének jogszerűségét szoros együttműködésben a kijelölt módszertani intézményekkel. A diakóniai osztály előkészíti és segíti az országos diakóniai bizottság munkáját a jogi és testületi osztály bevonásával. 

A diakóniai osztály feladatai különösen:

• közreműködik evangélikus diakóniai intézmény létrehozásában, fejlesztésében, átszervezésében, megszüntetésében;
• elősegíti az országos intézmények esetében a fenntartói jogok és kötelezettségek gyakorlását;
• felügyeli valamennyi intézmény és szervezet szakmai tevékenységének törvényes működését, illetve támogatást, szolgáltatást nyújt, képzést szervez a diakóniai intézmények részére a világi és egyházi jogszabályoknak való megfelelő működés elősegítése érdekében;
• ellenőrzéseket folytat az evangélikus fenntartású intézményekben, valamint szakmai felügyeletet gyakorol valamennyi evangélikus diakóniai intézményben;
• elvégzi az országos fenntartású intézmények számára az állami támogatás igénylését, szükség esetén annak módosítását, az elszámolásban közreműködik, szorosan együttműködik a könyvvizsgálatot végzőkkel. Az állami támogatás, pályázati támogatás igénylés, módosítás, elszámolás ügyekben szorosan együttműködik az országos iroda gazdasági osztályával;
• a pályázat alapján finanszírozott szolgáltatások esetében a pályázatok rögzítésében, szerződéskötés előkészítésében, a pályázatok elszámolásában közreműködik; illetve az utalás, számlázás ügyekben szorosan együttműködik az országos iroda illetékes osztályaival;
• naprakész nyilvántartást vezet az országos egyház fenntartásában működő intézményekről, azok jogi viszonyairól, az állami jogszabályokban meghatározott jelentéstételi kötelezettségnek eleget tesz; 
• a diakóniai intézmények számára összeállítja és gondozza a szakmai anyagokat, információt biztosít;
• közreműködik a diakóniai munkatársak képzésében, elősegíti a felekezetközi és – együttműködve az ökumenikus és külügyi osztállyal nemzetközi diakóniai munkát;
• kapcsolatot tart az evangélikus diakónia intézményeivel, közösségeivel, valamint az illetékes állami szervezetekkel, hatóságokkal; a történelmi egyházak területileg illetékes munkatársaival;
• megszervezi a Diakóniai Konferenciát, valamint a tervezett éves programban szereplő képzéseket, tovább-képzéseket;
• szervezi és előkészíti a diakóniai intézmények munkatársai, önkéntesei, a diakóniai lelkészi munkaközösség, a szolgálat iránt érdeklődők részére a spirituális, és szakmai alkalmakat;
• az egyházi szociális kiegészítő támogatás, valamint az egyházi kiegészítő támogatás korrekciós összegének, és tartalékalapba helyezett részének felhasználásáról szóló 1/2010. (II. 4.) országos szabályrendelet alapján a diakóniai tartalékalappal kapcsolatos ügyintézés szoros együttműködésben a gazdasági osztállyal
• a diakóniai osztály irányítást és szakmai felügyeletet gyakorol az Evangélikus Módszertan felett. A Módszertan mindenkori vezetője a diakóniai osztállyal közösen tervezi meg az éves programot, beszámol az diakóniai osztály vezetőjének, az egyes tevékenységek megvalósítása során szorosan együttműködik, egyeztet a módszertani támogatás, ellenőrzés megvalósulásáról.